亿万先生MR

该研究系统性对比了宏基因组二代测序（mNGS）、培养法及基于纳米孔技术的宏基因组三代测序（mTGS），在肺炎患者病原体菌株水平分型中的性能。研究表明，mNGS在克隆复合体（CC）水平的分型结果，与培养菌株全基因组测序（WGS）结果完全一致，且相比mTGS具有更高的分型准确性和精密度；明确了mNGS是当前临床实践中更适配的菌株分型工具，它突破了传统培养法无法检测培养阴性样本、mTGS分型精度不足的局限，揭示的菌株水平共感染高发生率及不同CC的耐药/毒力特征，为肺炎精准诊疗给予了关键依据。

mNGS凭借无需培养、无需预设病原体的优势，彻底改变了临床微生物学诊断^[1,2]。但此前，它仅能实现“物种级”鉴定，难以真正满足精准诊疗需求。以鲍曼不动杆菌中临床最受关注的ST208菌株与其他菌株（如ST191）为例，二者虽同属一个物种，但不同菌株在毒力、耐药性及治疗策略上差异显著，是“物种级鉴定”无法区分，需依赖“菌株级分型”的典型代表。因此，将病原体鉴定从“物种级”推向“菌株级”，是破解感染性疾病诊疗瓶颈的关键一跃，更是满足临床精准用药、改善患者预后的迫切需求^[3]。

为填补临床空白，研究团队以肺炎为切入点，聚焦鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌两种克隆结构清晰的致病菌展开探究^[4,5]。顺利获得对比培养法、mNGS、mTGS的分型性能，证实mNGS是当前最适配临床的工具；进一步用mNGS分析185份支气管肺泡灌洗液（BALF）样本，发现菌株水平共感染现象，且不同菌株的毒力、耐药性差异显著；对序贯BALF样本，以及配对的BALF和血液样本进行的亚型比较分析，进一步追踪到了患者个体内菌株水平的时空变化。这些发现凸显了将菌株水平亚型分析纳入常规mNGS诊断的临床价值。

研究方法：多技术对比+大样本验证，构建菌株分型框架

两种致病菌的CC分布呈现明显差异，鲍曼不动杆菌中94.92%为CC208（主导克隆），肺炎克雷伯菌则呈多CC分布（CC11占24.29%、CC29占18.57%）。

同时，CC水平的共感染检出率较高，5.40%鲍曼不动杆菌阳性样本、19.55%肺炎克雷伯菌阳性样本均存在此类共感染。

研究还发现，细菌的耐药性与菌株的CC类型存在显著关联，其中34/35份CC208型鲍曼不动杆菌、2/2份CC11型肺炎克雷伯菌，均对头孢他啶、亚胺培南等多种抗生素表现出耐药性。

菌株的CC组成还具有明显的时空一致性，不仅配对的BALF与血液样本中CC组成基本一致，在6例患者的序贯样本中，也有5例CC类型未发生变化，仅1例从单感染开展为共感染。

从技术突破到临床研究，这项工作不仅首次揭开了不同技术方法对细菌亚型分析的性能差异，更以鲍曼不动杆菌和肺炎克雷伯菌为切入点，让菌株水平的感染图景清晰呈现。它打破了“一刀切”的检测局限，为不同病原体、疾病类型和样本的mNGS亚型研究奠定了基础。当本地数据库积累的菌株特异性毒力与耐药信息，能转化为精准用药的导航，当培养阴性或复杂合并感染的难题被逐步破解，mNGS亚型分析正从科研探索走向临床刚需。

有助于这项技术纳入常规实践，既是对诊断准确性的极致追求，更是精准医疗时代下，为患者带来个体化治疗方案的必然选择——让每一次检测都更有温度，每一次治疗都更具底气。